Farmatec verzorgt het verlenen van farmaceutische vergunningen, erkenningen, ontheffingen en registraties voor geneesmiddelen en medische hulpmiddelen voor bijvoorbeeld de farmaceutische industrie. Daarnaast is Farmatec verantwoordelijk voor het toekennen van vergoedingslimieten aan geneesmiddelen (Geneesmiddelenvergoedingssysteem (GVS), het vaststellen van maximumprijzen voor geneesmiddelen (Wet geneesmiddelenprijzen (WGP) en de add-on databank (AOD).